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2008年4月14日，科技部、財政部和國家稅務總局聯合發布《高新技術企業認定管理辦法》（以下簡稱《辦法》），對依法享受稅收優惠的高新技術企業作出了明確界定。江蘇省科技廳、財政廳、國稅局、地稅局在第一時間聯合轉發新的認定辦法，并成立了省高新技術企業認定管理工作協調小組，著手組織申報2008年度第一批高新技術企業。至此，備受關注的高新技術企業認定工作終于開始啟動，高新技術企業低稅率的優惠政策將進入實際落實階段。
《辦法》 明確六大認定條件
《辦法》稱，高新技術企業是指在《國家重點支持的高新技術領域》內，持續進行研究開發與技術成果轉化，形成企業核心自主知識產權，并以此為基礎開展經營活動，在中國境內（不包括港、澳、臺地區）注冊一年以上的居民企業。
根據《辦法》，科技部、財政部、國家稅務總局將組成全國高新技術企業認定管理工作領導小組，同時規定了高新技術企業認定須同時滿足6個條件：一是企業近三年內通過自主研發、受讓、受贈、并購等方式，或通過5年以上的獨占許可方式，對其主要產品（服務）的核心技術擁有自主知識產權；二是產品（服務）屬于《國家重點支持的高新技術領域》規定的范圍；三是具有大學專科以上學歷的科技人員占企業當年職工總數的30％以上，其中研發人員占企業當年職工總數的10％以上；四是企業持續進行研發活動，且近三個會計年度的研發費用總額占銷售收入總額的比例符合一定要求，跟銷售收入掛鉤，包括最近一年銷售收入小于5000萬元的企業比例不低于6％，年銷售收入5000萬至20000萬的比例不低于4％，年銷售收入20000萬以上的比例不低于3％；五是高新技術產品（服務）收入占企業當年總收入的60％以上；六是企業研究開發組織管理水平、科技成果轉化能力、自主知識產權數量、銷售與總資產成長性等指標符合《高新技術企業認定管理工作指引》（另行制定）的要求。
八大領域獲國家重點支持
過去高新技術企業主要依據產品來確定，而《辦法》則擴大到服務，要求產品（服務）屬于《國家重點支持的高新技術領域》規定的范圍，詳細列舉了八大項國家重點支持的高新技術領域，細化到每類技術項目，并且有具體要求描述。這八大領域包括電子信息技術、生物與新醫藥技術、航空航天技術、新材料技術、高技術服務業、新能源及節能技術、資源與環境技術、高新技術改造傳統產業。其中將高技術服務業和高新技術改造傳統產業納入高新技術企業領域，更是一大突破，說明了國家扶持高新技術企業的決心。
四道認定程序
高新技術企業認定要經過以下四道程序：一是企業自我評價及申請。企業登錄“高新技術企業認定管理工作網”，對照規定條件，進行自我評價。符合條件的可向認定機構提出申請。二是提交規定的申請材料。包括：1. 高新技術企業認定申請書；2. 企業營業執照副本、稅務登記證（復印件）；3. 知識產權證書（獨占許可合同）、生產批文，新產品或新技術證明（查新）材料、產品質量檢驗報告、省級以上科技計劃立項證明，以及其他相關證明材料；4. 企業職工人數、學歷結構以及研發人員占企業職工的比例說明；5. 經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度研究開發費用情況表，并附研發活動說明材料；6. 經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務報表以及技術性收入的情況表。三是合規性審查。認定機構建立高新認定評審專家庫；依據企業的申請材料，抽取專家庫內專家對申報企業進行審查，提出認定意見。四是認定、公示與備案。認定機構對企業進行認定。經認定的高新技術企業在“高新技術企業認定管理工作網”上公示15個工作日，沒有異議的，報送領導小組辦公室備案，在“高新技術企業認定管理工作網”上公告認定結果，并頒發“高新技術企業證書”。
統一明確懲罰措施
已認定的高新企業存在 “（一）在申請認定過程中提供虛假信息的；（二）有偷、騙稅等行為的；（三）發生重大安全、質量事故的；（四）有環境等違法、違規行為，受到有關部門處罰的”之一的，取消企業的高新技術企業認定資格，并在五年之內不再受理該企業的認定申請。
此外，《辦法》旨在明確企業所得稅“兩稅合并“后，獲得稅收優惠政策的高新技術企業認定的具體門檻，從而更好扶持和鼓勵高新技術企業的發展。而舊的兩個認定辦法--1996年發布的《國家高新技術產業開發區外高新技術企業認定條件和辦法》和2000年發布的《國家級高新技術產業開發區高新技術企業認定條件和辦法》將停止執行。
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