■困境之二 案件受理難以操作
草廣東省高級人民法院民二庭李洪堂法官認為，最高法院《民事案件案由(試行)》中確定的18種公司訴訟糾紛案由過于粗糙，并未涵蓋當前的全部公司訴訟糾紛類型。尤其是新公司法創設的股東代表訴訟、股份回購訴訟、司法解散公司訴訟等新類型訴訟，目前尚無司法解釋對其案由作出統一規定。由此導致實踐對許多公司訴訟糾紛不易確定案由。許多法院往往將沒有案由對應的案件統稱為股東權益糾紛、一般股東糾紛或其他股東糾紛等，甚至有的法院將部分公司訴訟糾紛歸類于買賣、侵權等案由，這不僅不利于立案統計和審判流程管理，也對如何正確把握案件性質產生了不利影響。
山東省高級人民法院副院長李勇介紹了公司糾紛案件管轄方面存在的問題。他說，公司訴訟糾紛案件多圍繞公司展開，但因訴訟主體較多，原告選擇管轄法院的權利比較大，有時會導致審理案件的法院實際與案件沒有多少關聯，從而不利于案件的審理。另外，許多案件沒有財產標的，如果簡單按照民事訴訟的一般原則確定，會導致大部分難度較高的案件都集中到基層法院，與司法資源的配置不相稱。因此，如何科學確定案件的地域管轄和級別管轄較為棘手。
在訴訟費用的收取標準方面，河北省高級人民法院民二庭趙國棟法官介紹，實踐中對于某些公司訴訟糾紛案件是否屬于財產案件不好確定，如股東代表訴訟、司法解散公司、申請法院指定清算組等案件，在訴訟費用收取上做法不一。如有的法院對司法解散公司案件作為非財產案件收費，有的法院則按照公司注冊資金額計算案件受理費。其次，一些案件雖然沒有爭議的財產標的額，但審理難度普遍較大，如股東資格確認糾紛、股東知情權訴訟等，這些案件所花費的司法成本往往非常巨大，遠非一般的借款案件和買賣合同案件所能及，嚴格按非財產案件收取50元訴訟費則與司法成本極不相稱。
■困境之三 訴訟程序難以適用
新公司法較修訂前而言，加大了可訴性。但是，實體上賦予的權利缺乏程序回應，雖然訴權問題解決了，但在實現訴權、保障實體權利的訴訟過程中遭遇了障礙和困難。
新公司法中有的規定在民事訴訟法上無相應程序。
江蘇省高級人民法院民二庭段曉絹法官舉例說，如新公司法第184條規定的申請人民法院指定清算組案件，顯然不屬于普通程序審理的范疇，但目前無相應的特別程序可以適用，這直接影響了當事人通過訴訟保護權益、解決糾紛的效果。
另外，許多案件的訴訟主體難以確定。如股東會、董事會決議無效或撤銷訴訟的被告是公司還是對決議投贊成票的股東或董事？股東代表訴訟中公司的訴訟地位是原告還是第三人？申請司法解散公司應以股東還是公司為被告？等等。
另處，對于司法解散公司應按普通訴訟程序還是特別程序審理、知情權訴訟應以判決抑或裁定形式作出等均沒有規定。
■困境之四 法律關系難以理順
公司訴訟糾紛案件往往包含多個法律關系，既有公司內部的股東與股東之間、股東與公司、董事和高管人員之間的關系，又有公司外部債權人與公司、股東、中介機構之間的關系；既涉及當事人承擔責任的實體問題，又涉及認定公司表決是否合法的程序問題，法律關系較為復雜。而且，實踐中當事人一方人數往往在二人以上，并提出多個訴訟請求，既有確認之訴，又有給付和變更之訴；既有本訴，又有反訴。
李勇提供了一個案例：原告首先申請查閱公司賬簿，進而主張分配利潤；而被告則反訴請求確認原告不具有股東資格，多個法律關系交織在一起，加之有些案件當事人訴訟請求又不甚明確，給人民法案審理案件帶來了不小的難度。
■困境之五 法律條文難以援引
宥于歷史條件，1994年的公司法主要是作為一部公司組織法而存在，其行政管理和組織引導色彩濃厚，司法裁判明顯不足。新公司法雖然大大增強了法律規范的可訴性設計，但受我國長期以來“宜粗不宜細”的立法方針的影響，相關規定仍然過于原則和簡單，對于眾多現實情形無法涵蓋。
更為關鍵的是，在我國當前的立法環境下，最高法院的司法解釋往往是審理案件中操作性極強的規范，目前大多數民商事糾紛也都是依賴司法解釋而得以順利處理，但關于公司訴訟糾紛的司法解釋卻至今缺位。
以上種種原因造成人民法院在審理案件時無法可依現象、裁判依據明顯不足。山東省高級人民法院民二庭副庭長李芹透露，許多法院只能根據上級法院對一些問題的指導性意見作為定案的依據。
■困境之六 裁判文書難以表述
與傳統民商事糾紛主要為財產性質的給付之訴相比，公司訴訟糾紛案件的訴請內容相對多元化，有不少涉及行為。包括訴請作為的如提供會計資料供查閱，訴請不作為的如停止侵犯知情權等。
在撰寫這類案件判決主文時，判決內容無先例可循，不僅要合理確定當事人義務，還要考慮判決的可執行性，如何作出科學、恰當且無歧義的表述非常困難。
除此之外，由于公司訴訟糾紛案件法律關系復雜，糾紛主體人數多，案件審理中經常涉及三方甚至四方和利益沖突和對立，往往涉及公司存亡、股東資金的進退、職工的就業等重大問題，使得該類案件往往難以調解，一般要判決結案。
■困境之七 與行政權力難以銜接
公司訴訟糾紛案件多有涉及工商行政管理內容，由于工作的出發點和適用的法律不同，加之目前工商行政管理部門的行政法規和操作規定與公司法存在一定矛盾，往往導致法院判決結果與行政管理制度存在某些沖突，人民法院的生效裁判無法得到工商行政管理部門的認可和協助。
例如，對超越公司經營范圍的行為人民法院不因此認定合同無效，而工商登記仍在強化經營范圍的法定登記制度；盡管法律法規已明確規定注冊資金、股權轉讓須經工商登記，但出于各種原因，當事人虛假注冊登記，逃避變更登記的現象時有發生，工商行政管理無法遏制類似違法行為；公司法規定公司未經清算不得注銷，而實踐中公司因為連續兩年未參加年檢而被工商行政管理部門注銷的現象非常普遍，由此導致人民法院對清算責任認定的困難等等。
目前實踐中更為突出的矛盾是，根據《公司登記管理條例》的規定，有關利害關系人持人民法院的生效裁判文書要求變更工商登記的，工商行政部門往往以沒有法律依據為由不予辦理。
■困境之八 裁判結果難以執行
在一般的民商事案件中，如給付之訴中，只要被執行人有履行能力，則執行一般不成問題。而在公司訴訟糾紛中，如人民法院對股東會、董事會決議確認無效或予以撤銷的，如果該決議已經實際履行，若使其恢復原狀很困難，同時還會涉及到第三人的利益。另外，有些案件履行標的為行為，如知情權訴訟，若義務人拒絕履行時，如何強制執行不好操作。
■困境之九 審判經驗少，難以適應審判要求
審判經驗的積累對于正確審理案件至關重要，最高法院的許多司法解釋也往往依賴于審判實踐的摸索而生成。
但是，公司訴訟糾紛案件目前絕對數量較少，某一類型案件在部分地區可能多年僅僅發生一起，而又種類繁多，人民法院及審判人員的經驗積累明顯不足。再加上對公司訴訟糾紛的審判調研不夠重視，很多民商事審判人員長期無法很好地適應該類案件的審理要求。